خامنه‌ای، به عنوان فرمانده کل قوا در رژیم اسلامی حاکم بر ایران، در حکمی احمد وحیدی، وزیر کشور، را مقام جانشین فرماندهی کل نیروهای مسلح در امور نیروی انتظامی برگماردند. وحیدی متهم به انفجار مرکز همیاری یهودیان در آرژانتین و تحت تعقیب پلیس بین‌الملل است.
مطابق روال مرسوم در هر دوره پس از انتخاب و استقرار دولت جدید در رژیم اسلامی حاکم بر ایران، در اغلب موارد خامنه ای، در مقام فرمانده کل نیروهای مسلح رژیم، در حکمی وزیر کشور را به جانشینی اش در نیروی انتظامی منصوب میکند و اختیارات‌ش در این حوزه به وزیر کشور میدهد.
در دولت خاتمی، و در دوره وزارت کشور عبدالله نوری، جانشینی فرماندهی کل قوا،در نیروی انتظامی به نوری تفویض نشد.
نیروی انتظامی در سال ۱۳۷۰ از ادغام شهربانی، ژاندارمری و کمیته انقلاب اسلامی تشکیل شد و هم‌اکنون مسئولیت حفظ امنیت درون ایران را برعهده دارد و کارکرد آن توسط وزارت کشور نظارت می‌شود.
