حسینعلی نیری قاضی شرع و مسئول هیات متصدی اعدام زندانیان سیاسی تابستان ۶۷، برای نخستین بار درباره این اعدام‌ها توضیح داد. او در مصاحبه با سایت مرکز اسناد انقلاب اسلامی گفته است «توطئه‌های جدیدی در راه بود» و «نمی‌شد با قربانت بروم و فدایت شوم کشور را اداره کرد».
او در پاسخ به سوالی بحث چند سال اخیر درباره «اعدام‌های دهه شصت و به خصوص سال ۶۷» می‌گوید: «آن برهه شرایط ویژه‌ای بود. وضع مملکت بحرانی بود. یعنی اگر قاطعیت امام نبود شاید ما اصلا این امنیت را نداشتیم. شاید اصلا وضعیت طور دیگری بود. شاید اصلا نظام نمی‌ماند. روزی ۵۰ – ۶۰ تا ترور در تهران و شهرهای دیگر اتفاق می‌افتاد. در این شرایط بحرانی باید چه کرد؟ باید حکم قاطعی داد. آن که دادگاه را اداره می‌کند و مسائل در دستش است باید مسئله را جمع کند. در این شرایط که نمی‌شود با “قربانت بروم و فدایت بشوم” کشور را اداره کرد».
حسینعلی نیری در پاسخ به سوال دیگری درباره اینکه «می‌گویند کسی که در زندان بود و داشت حبسش را می‌گذراند چه لزومی داشت که مجدد محاکمه شود؟» گفت: «این‌ها به خاطر همان پرونده محاکمه نشدند که. این‌ها در زندان دوباره شلوغ کردند. در فضای زندان باز هم انسجام خودشان را داشتند. نه تنها رابطه تشکیلاتی داشتند بلکه تشکیلات جدیدی هم درون زندان به وجود آورده بودند. از راه‌هایی که می‌دانستند، از بیرون اطلاعات کسب می‌کردند. جو زندان دستشان بود و لذا توطئه‌های جدید در کار بود. اینطور نبود که آن‌ها فقط بخواهند ایام حبسشان را بگذرانند».
او در ادامه این مصاحبه می‌گوید: «یک وقت کسی مثلا پنج سال زندانی است می‌گوید من باید پنج سال زندان بمانم دیگر چه کار دارم چه می‌کنند؟ ولی این‌ها توطئه کرده بودند و هماهنگی از بیرون داشتند. یعنی عناد خودشان را می‌خواستند ادامه بدهند. این‌ها می‌گفتند ما ضرر اقتصادی به نظام بزنیم. سیم تلفن را قطع کنیم. لامپ را بشکنیم و … با این‌ها که نمی‌شود نظام را سرنگون کرد. یعنی یک لجبازی‌های بچگانه‌ای که مثلا مادر، بچه را تنبیه می‌کند، بچه می‌رود یک جایی یک حرکتی اذیتی می‌کند. مملکتی که این همه خرج دارد با چهار تا لامپ شکستن نظام سرنگون می‌شود؟»
حسینعلی نیری می‌گوید محمدی گیلانی درباره برخورد با مخالفان سیاسی در دهه شصت «به ما هم سفارش می‌کرد و می‌گفت حالا این شخص آدم کشته، محاکمه‌اش کنید، اگر حقش اعدام است خب اعدام شود؛ اگر زندانی است، زندان برود؛ اگر باید شلاق بخورد شلاق بخورد… در بعضی از موارد ایشان می‌فرمود خدا حکمش را معین کرده، این شخص آدم کشته باشد کشته شود، ترور کرده باید اعدام شود؛ حالا من چگونه دلسوزی کنم؟ آن کسی که خالق و مالک و قانونگذار ماست او گفته اینجا باید اعدام کنی؛ من چه بگویم؟ بگویم نباید بکشی؟»
محمد محمدی گیلانی از افراد نزدیک به خمینی بود. او پس از کودتای ۵۷ قاضی شرع و مدتی هم رئیس دادگاه انقلاب بود. محمد محمدی گیلانی از دهه ۶۰ تا زمان مرگش در مورد واقعی یا غیرواقعی بودن نقشش در صدور حکم اعدام برای فرزندانش اظهار نظری نکرد.
اما حسینعلی نیری در مصاحبه اخیر خود به نقل از محمدی گیلانی درباره کشته شدن فرزاندنش گفت «من اجازه ندارم حتی برای این‌ها گریه کنم که فردای قیامت خدا به من بگوید برای این بچه منافق چرا گریه کردی؟ خیلی به آدم فشار می‌آید که انسان فرزندش در راه باطلی کشته می‌شود و انسان باید خودش را نگه دارد که گریه هم نکند چون خدا از من سوال کند که چرا برای فرزند منافقت گریه کردی؟»
